Es el comandante de la organización militar NERV y el principal impulsor a su creación. Es el jefe del Proyecto E y padre de Shinji Ikari, piloto de la unidad Evangelion 01.
Es reconocible por su clásico gesto de juntar las manos (siempre con guantes blancos) por delante de la cara.
Es un científico de fama, con un pasado misterioso, trabaja en colaboración con la organización SEELE dentro de un proyecto secreto bautizado con el nombre de Proyecto de Complementación Humana.
Es muy estricto y autoritario hasta el punto de la obsesión, y su objetivo consiste en eliminar definitivamente a los Ángeles para evitar un Tercer Impacto que marcaría el fin de la existencia humana. Esta meta absorbe por lo general toda su vida diaria, lo cual queda demostrado cuando abandonó a Shinji por motivos de trabajo y éste a su vez nunca le perdonó. Shinji cree que él es el causante de la muerte de su madre y en parte es verdad.
En The End of Evangelion trata de unir el embrión de Adán con el alma de Rei para formar un "solo Dios" pero la piloto se niega y en el momento el Tercer Impacto muere siendo su cabeza devorada por una imagen de Rei III, tomando la forma del EVA-01.
